Завдяки третьому місцю у європейському рейтингу Road to Cologne NAVI розпочнуть виступ на турнірі одразу з другого етапу. У ньому змагатимуться 16 команд (по 8 у кожній групі), які за системою Double Elimination визначать шістку фіналістів. Переможці на груповому етапі команди вирушать відразу до півфіналу, а команди, що посіли місця з другого по третє, розпочнуть виступ у плей-офф із чвертьфіналу.

Призовий фонд IEM Cologne 2021 складає $ 1 000 000, 10 240 очок ESL Pro Tour та 800 очок BLAST Premier.