Благодаря третьему месту в европейском рейтинге Road to Cologne NAVI начнут выступление на турнире сразу со второго этапа. В нём сразятся 16 команд (по 8 в каждой группе), которые по системе Double Elimination определят шестёрку финалистов. Победившие на групповом этапе команды отправятся сразу в полуфинал, а команды, занявшие места со второго по третье, начнут выступление в плей-офф с четвертьфинала.

Призовой фонд IEM Cologne 2021 составляет $ 1 000 000, 10 240 очков ESL Pro Tour и 800 очков BLAST Premier.